Sau khi Liên Xô tan rã thành 15 nước cộng hòa hợp hiến vào tháng 12 năm 1991, máy bay và nhân sự của Không quân Liên Xô - tên chính thức là Lực lượng Hàng không quân sự, viết tắt là VVS, được chia thành các lực lượng khác nhau theo các quốc gia độc lập mới. Nga nhận được phần lớn trong lực lượng này - khoảng 40% máy bay, kể cả phần lớn máy bay chiến đấu mới nhất, và 65% nhân lực, các bộ tư lệnh quan trọng của Không quân Liên Xô cũ như Hàng không tầm xa, Hàng không vận tải quân sự và Hàng không Tiền tuyến được đổi lại tên, với vài sự thay đổi thành Các bộ tư lệnh Lực lượng Hàng không quân sự Nga. Tuy nhiên, nhiều trung đoàn, máy bay, và nhân sự lại bị các nước cộng hòa mới thành lập nơi các đơn vị đồn trú đòi hỏi thuộc về mình, để tạo thành hạt nhân của lực lượng không quân của nước cộng hòa mới. Một số máy bay tại Belarus và Ukraina đã trở lại Nga, cũng như một bộ phận của sư đoàn hàng không tầm xa đồn trú tại Dolon - Kazakhstan.

VVS đã tham gia vào Chiến tranh Chechen thứ nhất (1994–1996) và Chiến tranh Chechen thứ hai (1999–2002). Những chiến dịch này cũng để lộ ra những khó khăn lớn cho VVS bao gồm địa hình, thiếu những mục tiêu cố định và phiến quân trang bị với các tên lửa đất đối không Stinger và Strela-2M.

Lực lượng phòng không của Liên Xô cũ chuyển giao cho Nga quản lý vẫn tiếp tục là một lực lượng độc lập trong vài năm đầu, sau đó lực lượng này đã sáp nhập vào Không quân vào năm 1998. Sắc lệnh hợp nhất hai lực lượng được Tổng thống Nga lúc đó là Boris Yeltsin ban hành vào ngày 16 tháng 7 năm 1997. Ngày 29 tháng 12 năm 1998, đại tướng Anatoliy Kornukov, một tướng lĩnh của Lực lượng phòng không trước kia đã trở thành tổng tư lệnh lực lượng mới hợp nhất, sau đó tướng Kornukov đã thông báo cho Bộ trưởng Quốc phòng Nga về nhiệm vụ "chính yếu đã hoàn thành".[1] Tướng Kornukov đã thành lập bộ tư lệnh mới của lực lượng tại Zarya, gần Balashikha, cách trung tâm Moskva 20 km về phía bắc, tại vị trí là Bộ tư lệnh trung tâm Lực lượng Phòng không (viết tắt là PVO) trước đây, nơi hệ thống phòng không chung của khối SNG đã được hình thành.

Trước năm 2003, Lục quân Nga cũng duy trì một lực lượng không quân riêng gọi là Hàng không Lục quân, chuyên thực hiện các nhiệm vụ hỗ trợ trực tiếp cho Lực lượng mặt đất bằng cách cung cấp sự hỗ trợ chiến thuật từ trên không, trinh sát dẫn đường trên không chiến thuật, vận chuyển các đơn vị bằng máy bay, hỗ trợ hỏa lực cho các đơn vị mặt đất, tác chiến điện tử, thiết lập hàng rào mìn và các nhiệm vụ khác. Sau sự cố một trực thăng đã gặp tai nạn tại Chechnya khiến nhiều người thiệt mạng, toàn bộ tài sản hàng không trong Lục quân Nga - phần lớn là những máy bay trực thăng - đã được chuyển sáp nhập cho VVS.